Babası Sultan İkinci Beyazıt, kendisi sultan olduktan sonra, oğlu Yavuz Sultan Selim hanı, askeri sevk ve idareciliğini öğrenmesi için Trabzon'a vali olarak gönderdi.
Şehzade Selim Trabzon da devlet işlerinin yanı sıra, ilimle meşgul olurdu. Devrin büyük alimlerinden olan, Mevlâna Abdül Halim Efendiden ilim dersleri alırdı.
Yavuz Sultan Selim Trabzon valiliği görevini çok başarılı bir şekilde idare ediyordu. Trabzon halkına bir türlü rahat vermeyen Gürcülerin üzerine üç defa sefer etti ve bunların en önemlisi olan kutayis seferinde Kars, Erzurum ve Artvin gibi illeri feth ederek Osmanlı topraklarına kattı. Buralarda yaşayan halkın da Müslüman olmasına vesile oldu.
Yavuz Sultan Selim, devrin en cengâver silahşorlarından çok daha iyi silah kullanır, güreşmekte ok ve yay kullanmaktaki başarısı tartışılmazdı. Yavuz Sultan selim hanın bu özelliği, ona sultan olmanın kapısını aralayan en önemli sebeplerden birisidir. Çünkü yönetimdeki başarısının yanı sıra bu yönüyle de askerlerin arasında çok takdir kazanan bir kumandandı.
Yavuz Sultan Selim Trabzon valiliği, yaptığı dönemde İran'daki tehlikeyi görüyor ve İstanbul yönetimine tehlikenin büyüklüğünü bir türlü anlatamıyordu.
Yavuz sultan selim vali sıfatıyla Erzurum ve Bayburt da Acemlerle savaşmış, İran da neler olup bittiğini anlamak için tebdili kıyafet İran'a gitmişti.
İkinci Beyazıt diğer oğlu Şehzade Ahmed'i kendisinden sonra tahta geçirmek istiyordu. Devletin içindeki vezirler, paşalar ve devlet erkanında sözü geçen ne kadar devlet adamı varsa hepsinin gönlü şehzade Ahmed'in babasından sonra tahta geçmesinden yanaydı.
Yavuz Sultan Selim devlet erkanının ve babasının da karşı çıkmasına rağmen, askerin desteği ile, padişah oldu.
Yavuz Sultan Selim, tahta çıktığında babası ikinci Beyazıt, hastaydı ve oğluna tahtı bıraktıktan sonra, eski Saray da ikamet etmekteydi. Vezirlerin ve Paşaların iki Sultan bir şehirde olmaz diye ısrarlarının üzerine, ikinci Beyazıt, sultan olan oğlundan izin alarak, doğduğu topraklara dönmek istediğini söyledi ve Yavuz Sultan Selim babasının bu isteğini kırmayarak izin verdi. İkinci Beyazıt, zaten çok hastaydı ve yolculuk esnasında hayatını kaybetti.
İkinci Beyazıt'ın yolda hayatını kaybetmiş olması, bu konuyla ilgili birçok asılsız iddiaların ortaya atılmasına sebep oldu.
Yavuz sultan selimin babasını Yahudi bir doktora zehirleterek öldürttüğü gibi, cahilce ortaya atılan bu asılsız iddiaların gerçekle hiçbir ilgisi yoktur. Çünkü, Yavuz Sultan Selim hanın babasını öldürmesi için ortada bir sebep yoktur. Bu iddiaların asıl nedeni, Yavuz Sultan Selim'i babasının ve devlet erkanının değil, ordunun Padişahlığa getirmiş olması ile ilgilidir. Yavuz Sultan Selim hanın babasını öldürttüğüne dair hiçbir ispat ve delil yoktur. Söylenenlerin hepsi sadece bir varsayımdan ibarettir.
